удалить повторяющиеся имена в именах файлов

rename 's/-2-AF13-2.Scaf1.//' *.faa

Использование Perl-реализацииrename:

rename -v 's/(-\w+?-\d+?)\1/$1/' *.faa

Это удалит любое повторение -word-digitsв любом из имен файлов, соответствующих *.faaв текущем каталоге.

Это достигается путем сопоставления -\w+?-\d+?, то есть -word-digits, а затем снова той же строки. Такое совпадение будет заменено только первым экземпляром строки.