Вообще говоря, с помощью стандартных инструментов Linux невозможно выполнить шифрование на месте, то есть зашифровать это устройство, пока на нем есть данные, и не потерять данные. Вам нужно будет скопировать его на другой носитель, зашифровать, а затем скопировать обратно.
Это повлияет на производительность всех операций на этом диске. Теперь диску придется шифровать и расшифровывать блоки данных, чтобы читать и записывать их, что имеет накладные расходы.