rsync только существующие подкаталоги в целевом каталоге

Флаг --existing— это то, что вам нужно. Со страницы руководства:

--existing, --ignore-non-existing

This  tells  rsync  to  skip  creating  files (including 
directories) that do not exist yet on the destination.  If this option is combined 
with the --ignore-existing option, no files will be updated (which can be useful 
if all you want to do is delete extraneous files).

This option is a transfer rule, not an exclude, so it doesn’t affect the data that 
goes into the file-lists, and thus it doesn’t affect deletions.  It just limits 
the files that the  receiver requests to be transferred.

Вы можете использовать такой сценарий.

(
    cd destination &&
        for d in *
        do
            [ -d "$d" -a -d source/"$d" ] && rsync -a source/"$d".
        done
)

Если он автономный, скобки (... )не нужны, поскольку они существуют только для локализации смены каталога.

Добавьте --deleteк rsync, если вы хотите, чтобы файлы в месте назначения удалялись, когда их больше нет в источнике.