Есть ли способ определить, откуда поступает вывод журнала?

./path/to/my/script.bash > output.txt

на заметку, если только у вас нет домашних каталогов с пробелами в них (плохая идея, если так! ), то нет необходимости устанавливать разделитель полей в$'\n'

Если подумать, в цикле for вообще нет особого смысла (, если только вы не планируете добавлять его в этот скрипт? ). Вы можете просто бежать:

awk -F: '{if ($3 >= 1000) print $6}' /etc/passwd > output.txt