как сравнить два текстовых файла с разделителями вертикальной чертой, выяснить разницу и скопировать вывод в третий файл с помощью скрипта Linux

Вы можете использовать sedдля этого

$ sed -E 's|([0-9]{4})/([0-9]{2})/([0-9]{2})|\1-\2-\3|g' file

Попробуйте.

Чтобы отредактировать файл на месте, в macOS или FreeBSD добавьте параметр -i ''. Большинству других sedреализаций требуется только -i, чтобы(-i.backработал для обоих и сохранял оригинал с расширением .back). В системах, где sedне поддерживает редактирование места -, вы можете использовать perl -pi -eвместо sed -E(, который вдохновил теsed -i).