Как включить лигатуры для монофонических шрифтов в терминале xfce4

Потому что у вас есть nextв блоке с условием FILENAME != f && $2 ~ /[0-9]+/. Эта строка thrне соответствует этому условию, поэтому попадает в блок «каждая строка». Там $1 нет в a, поэтому вводится блок elseи печатается строка.

Я уверен, что вы смогли бы понять это сами, если бы просто использовали разумные отступы, чтобы вы действительно видели свою программу:

awk -F':' -vf=main '
    FILENAME == f {m = $0}
    FILENAME != f && $2 ~ /[0-9]+/ {
        if ($2 ~ /[0-9]+/ && (!($1 in a) || $3 > a[$1])) { 
            a[$1] = $3
            b[$1] = $0 
        } 
        next
    }
    {
        if (($1 in a) && (a[$1] > $3)) { 
            print b[$1]":updated:"m
            delete b[$1] 
        } else 
            print
    }
' file* main