Краткий ответ :Нет

Предварительно -ничего не установлено. Ничего нельзя сделать после их замены.

Длинный ответ :Да. Установите систему контроля версий и используйте ее.

Вы не сказали, где файлы.

Для/etc

Используйте etc keeper с другой системой контроля версий (это не система контроля версий, но она использует ее для отслеживания того, что происходит в /etc, и интегрируется с менеджером пакетов, поэтому сохраняет записи о том, что вы изменили и что изменил менеджер пакетов.

Для других файлов

Используйте средство контроля версий :, например mercurial. Некоторые скажут вам использовать git, но это сложно. Есть и диверсия.