Nohup должен убивать мой скриптовый процесс?

Это потому, что процесс запускается через тот терминал, в котором вы сейчас находитесь, и ваш & помещает его в фоновый режим этого терминала.

Выполните ps faux, и вы сможете увидеть генеалогическое древо процесса и отметить, как он порождается из терминала, в котором вы сейчас находитесь. Если вы убиваете этот терминальный процесс, вы также убиваете все дочерние процессы., например текущий запущенный скрипт.

В качестве альтернативы можно использовать что-то вроде tmuxили screenдля запуска сценария в фоновом сеансе, запускать его как задание cron или демонизировать его через вашу систему инициализации, создав для него файл модуля.