Если функция находится в самом ядре, а не в C-библиотеке пользовательского пространства, поместите ее в раздел 2.
Раздел 3 предназначен не только для функций libc, это могут быть и другие библиотеки, предоставляющие подпрограммы операционной системы низкого -уровня, не являющиеся частью ядра. Например, страницы руководства по функциям PAM хранятся в разделе 3.
В этом случае, если у вас есть системный вызов ядра и библиотечная функция, поместите справочную страницу для системного вызова в раздел 2, а справочную страницу для библиотечной функции — в раздел 3.
Как предположил @vonbrand в комментарии, это была проблема с версией git. как только я обновил его, он был выровнен.
Другой проблемой была структура, мне пришлось создать аналогичную структуру с программной ссылкой, чтобы избавиться от этих ошибок.