расположение вызова команды несовместимо с выводом команды `what`

В современных оболочках они запоминают путь к ранее запущенной команде. Так, например:

bash-4.2$ hash
hash: hash table empty
bash-4.2$ whoami
sweh
bash-4.2$ hash
hits    command
   1    /usr/bin/whoami

Теперь, если вы удалите программу (в вашем случае/bin/protoc)и установите ее в новое место (/usr/local/bin/protoc), текущая оболочка попытается использовать старое место. И это не удается, потому что старого файла нет.

Вы можете указать оболочке забыть все запомненные пути с помощью hash -r.

Это заставит его снова искать путь.

Команда whichне понимает хэш текущей оболочки. Команда typeявляется более точной встроенной оболочкой.