Я тоже столкнулся с подобной проблемой. В Ubuntu12 с этой командой все работало нормально:
lp -o media=a4,Tray2 <FILE_TO_PRINT>
После того, как я обновился до Ubuntu16, эта команда перестала работать, но эта:
lp -o media=A4 -o InputSlot=Tray2 <FILE_TO_PRINT>