Копирование файлов замедляет работу системы, делая ее непригодной для использования (KDE Neon)

Это альтернативный подход, который может быть медленным для миллионов файлов по сравнению с чистыми решениями awk.

Используя что-то подобное, вы можете транспонировать строки в столбцы:

$ cat file1
1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   2   1   
0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0

$ paste -d'-' <(head -n1 file1 |tr -s ' ' '\n') <(tail -n1 file1 |tr -s ' ' '\n')
1-0
0-0
0-0
0-0
0-0
0-0
0-0
0-0
0-0
0-0
1-0
2-0
1-0

Затем вы можете заменить все вхождения 0-0на 9-9простым sed и сохранить вывод во временной переменной:

$ f1=$(sed 's/0-0/9-9/g' <(paste -d'-' <(head -n1 file1|tr -s ' ' '\n') <(tail -n1 file1 |tr -s ' ' '\n')))
$ echo "$f1"
1-0
9-9
9-9
9-9
9-9
9-9
9-9
9-9
9-9
9-9
1-0
2-0
1-0

Теперь вы можете вернуться от столбцов к строкам, например:

$ awk -F'-' 'NR==FNR{printf "%s ",$1;p=1;next}p{printf "\n";p=0}{printf "%s ",$2}END{printf "\n"}' <(echo "$f1") <(echo "$f1")
1 9 9 9 9 9 9 9 9 9 1 2 1  
0 9 9 9 9 9 9 9 9 9 0 0 0  

И вы также можете добавить >file1в конце последней команды awk, чтобы перезаписать file1новым содержимым.

Осталось только перебрать все файлы. Можно сделать с помощью цикла bash:

for f in./wa_filtering_DP15_good_pops_snps_file_*;do
  f1=$(sed 's/0-0/9-9/g' <(paste -d'-' <(head -n1 "$f"|tr -s ' ' '\n') <(tail -n1 "$f" |tr -s ' ' '\n')))
  awk -F'-' 'NR==FNR{printf "%s ",$1;p=1;next}p{printf "\n";p=0}{printf "%s ",$2}END{printf "\n"}' <(echo "$f1") <(echo "$f1") #>"$f" #uncomment >"$f" to overwrite the files...
done