Загружает ли bash в память HISTFILE при запуске?

Да, загружает в память (изman bash):

On startup, the history is initialized from the file named by the variable HISTFILE (default ~/.bash_history). The file named by the value of HISTFILE is truncated, if necessary, to contain no more than the number of lines specified by the value of HISTFILESIZE.

И да, теоретически это может быть проблемой, но в наши дни у большинства машин более чем достаточно памяти для решения этой проблемы. Например, у меня есть следующее в моем~/.profile:

$ grep SIZE ~/.profile
export HISTSIZE=999999
export HISTFILESIZE=999999

Это заставляет меня хранить 999999 в моей истории. Пока что я здесь:

$ history | wc
 109207  637303 4614715

Что дает мне ~/.bash_historyразмер файла около 3,7 МБ:

$ ls -l ~/.bash_history
-rw-r--r-- 1 terdon terdon 3846502 Dec 21 18:15 /home/terdon/.bash_history

Это даже близко не заметно на моем ноутбуке с 32 ГБ ОЗУ.

В любом случае, это я. Я решил иметь большую историю, поэтому, возможно, я жертвую крошечной скоростью ради преимуществ, которые дают мне. Если вы этого не хотите, вы можете вместо этого оставить значения по умолчанию (вместо man bash):

   HISTFILESIZE
          The maximum number of lines contained in the history file.  When
          this  variable  is  assigned  a value, the history file is trun‐
          cated, if necessary, to contain no  more  than  that  number  of
          lines  by removing the oldest entries.  The history file is also
          truncated to this size after writing it when a shell exits.   If
          the  value  is  0,  the  history file is truncated to zero size.
          Non-numeric values and numeric values  less  than  zero  inhibit
          truncation.   The  shell  sets the default value to the value of
          HISTSIZE after reading any startup files.
   HISTSIZE
          The  number  of commands to remember in the command history (see
          HISTORY below).  If the value is 0, commands are  not  saved  in
          the history list.  Numeric values less than zero result in every
          command being saved on the history list  (there  is  no  limit).
          The  shell  sets  the  default  value  to  500 after reading any
          startup files.

Таким образом, размер по умолчанию составляет всего 500 команд, что на современных машинах ничтожно мало. Если даже это слишком много, вы всегда можете установить его ниже.