Я бы изменил каталог в оболочке sub -, чтобы получить относительные пути)
(cd root_folder/root_folder2; for i in./folder? ; do zip -vr $i $i; done;)
Если у вас есть только три папки для архивирования, вы можете ввести три разные команды:
find /root_folder/root_folder2/folder1 -print | zip folder1 -@
find /root_folder/root_folder2/folder2 -print | zip folder2 -@
find /root_folder/root_folder2/folder3 -print | zip folder3 -@
См. справочную страницу zip (1 ).