rpmbuild, потом установить rpm, потом обновить из репозиториев

Если у вас нет реальной причины, я бы не стал восстанавливать себя из исходников. yum installнамного быстрее и проще.

Второй :, если вы запускаете что-то вроде

./configure
make
make install

то эти файлы не будут учитываться базой данных rpm; поэтомуrpm(и, следовательно,yum)не будут знать, что эти файлы существуют.