На самом деле существует утилита под названием pdfstamp, часть пакета libtext -pdf -perl, которая делает именно то, что --добавляет текст в существующий pdf (в качестве нового слоя, видимо ).
Нашел информацию благодаря этому вопросу , pdfstamp упоминался в комментариях.
Единственная проблема заключается в том, что он не понимает кодировку UTF8 даже при использовании шрифтов Unicode TTF.
Попробуйте вручную размонтировать и смонтировать раздел в командной строке. Кстати, проверьте, нет ли ошибок в dmesg. Можете ли вы предоставить вывод «ls -alh»?