Как я могу одновременно преобразовать эти файлы .vcf в txt

Question

Я использовал явный параметр командной строки:

yast2 -gtk

, чтобы избежать дампа ядра строки 440. Это в openSUSE 42.2 для двоичного файла yast2 от 2017 -03 -28.

0

bash executable linux shell-script

Angel 06.11.2019, 15:27

Ссылка

1 ответ

pLumo · Answer 1 · 28.01.2020, 02:39

Перейдите в папку с вашими файлами и зациклитесь на этих файлах. Используйте "$f"для ввода и "${f%.*}.txt"в качестве имени выходного файла

${f%.*}удалит расширение из имени файла(через).

for f in *.vcf; do
    bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%ID]\n' "$f" > "${f%.*}.txt"
done