ext4 сохраняет цель символической ссылки внутри инода , если цель имеет длину менее 60 байт. Более длинные цели будут храниться в блоке данных.
Вы можете заменить вместо chr
в начале третьего поля пустой строкой:
awk '{ sub(/^chr/,"",$3); print $2,$3,$5,$6 }' file