Недавно -изучив эту проблему, я в конце концов понял, что в данном случае проблема была связана с агентом McAffee EPO, который был установлен на сервере нашей командой по инфраструктуре без моего ведома. Этот агент блокировал доступ к определенным большим файлам в системе, включая рассматриваемый.
Похоже, что проблема была вызвана Комптоном -, отключение которого решило проблему. (Это также объясняет, почему у i3 не было проблем, поскольку Compton запускается моим сценарием инициализации Openbox.)