Как заменить ']' новой строкой, если текст хранится в переменной?

Используйте []]для представления ]в регулярном выражении. Используйте @в качестве разделителя выражения sed, поскольку в вашей замещающей строке есть /.

sed -e "s@[]]@${key}${newnum}@" ${list}

Вы также можете использовать обратную косую черту:

sed -e "s@\]@${key}${newnum}@" ${list}

Поскольку известно, что ]находится в конце строки, вы также можете изменить последний символ независимо от того, что это такое:

sed -e "s@.\$@${key}${newnum}@" ${list}