Подсчет уникальных значений во всех столбцах CSV-файла

Вам понадобится -Pдля PCRE, который реализует Perl (?!...)отрицательный просмотр вперед, и чтобы не экранировать !в (?!...).

-bash-4.2$ cat input
<?php
<?xml
<?=
<?okay
<?
-bash-4.2$ grep -P '<\?(?!php|xml|=)' input
<?okay
<?
-bash-4.2$ 

"<\?(?\!php|=|xml)"неверно, поскольку это переходит от (?\!...)к grep, а ?\!совершенно не соответствует ?!с точки зрения механизма регулярных выражений; если вы не уверены, что передается программе оболочкой, либо напишите код для проверки этого:

$ perl -E 'printf "%*vd\n","\t",$ARGV[0];say join "\t",split //,$ARGV[0]' "?\!"
63  92  33
?   \   !
$ 

Или используйте что-то вроде strace, чтобы увидеть, что grepполучил:

-bash-4.2$ strace -o grep grep "?\!grep" /etc/passwd
-bash-4.2$ grep grep grep
execve("/usr/bin/grep", ["grep", "?\\!grep", "/etc/passwd"], [/* 24 vars */]) = 0
-bash-4.2$