Найти и заменить столбцы совпадающих и несовпадающих строк символом

Этот Perl-скрипт сделает то, что вы хотите:

#!/usr/bin/perl

## Read the file's lines into the @lines aray. 
my @lines = <>;
## read the values from the first line and save them as @values
my @values = split(/,/, $lines[0]);

## Iterate over the values. $#values is the number of elements
## in the array.
for my $i (0..$#values){
  ## Remove trailing newlines and save this value as $value
  chomp(my $value = $values[$i]);
  ## Iterate over each line
  for my $k (0..$#lines ) {
    ## remove trailing newlines. 
    chomp($lines[$k]);
    ## Get this line's values
    my @lineValues = split(/,/, $lines[$k]);
    ## If the value at position $i on this line is the same
    ## as the value at position  $i of the first line.
    if ($lineValues[$i] == $value) {
      ## Set this value to 1
      $lineValues[$i] = 1
    }
    ## If they are not equal
    else {
      ## Prepend '0,' to this line's value
      $lineValues[$i] = '0,'. $lineValues[$i];
    }
    ## Save the modified line back in the @lines array
    $lines[$k] = join ',', @lineValues;
  }

}
## Print the final output
print join "\n", @lines;
print "\n";

Сохраните это как foo.plи запустите следующим образом (показывая вывод, если запустить файл примера из вопроса):

$ perl foo.pl foo.csv 
1,1,1,1,1
0,1,0,1,1
1,0,1,1,0,

И в файле, на который вы ссылаетесь:

$ perl foo.pl file.csv 
1,1,1,1,1,1
1,0,1,0,1,1
0,1,0,1,1,1
0,0,1,1,1,1
0,1,1,1,1,1
1,1,1,0,0,1
0,1,1,1,0,1