В качестве альтернативы ответу @RomanPerekhrest это также будет работать:
rm '$commandoutput[0]'
, так как одинарные кавычки позволяют избежать раскрытия переменных.
Другой способ — начать печатать rm $
, а затем нажать Tab ; оболочка автоматически дополнит имя файла, экранируя символы по мере необходимости.