Ubuntu не отвечает на тот же интерфейс

Если предположить, что у вас более одного ядра, и каждый вызов может выполняться независимо от остальных, вы получите существенное ускорение при параллельном выполнении.

Относительно простой способ сделать это — использовать параметр -Pв xargs-, например, если у вас 4 ядра:

echo xyz{1..5025} | \
    xargs -n 1 -P 4 -I{} /path/to/transeq xyz{} xyz{}.faa -table 11

-n 1указывает xargsвыбирать только один аргумент из списка для каждого вызова(по умолчанию будет передаваться много ), а -P 4указывает запускать 4 процесса одновременно. время -когда один умирает, появляется новый.

ИМХО, вам не нужно устанавливать GNU parallel для этого простого случая-xargsдостаточно.