Это не связано с ssh
, это функция оболочки для перенаправления стандартных сообщений об ошибках. Читайте о перенаправлении оболочки
awk -F, '
NR==FNR {for(i=3;i<=NF;i++) a[$i] = $1; next}
FNR in a {$0 = a[FNR]}
1
' Ref.txt Seq.txt
ABCDEFG
ABCDEFG
HIJKLMN
HIJKLMN
LMNOPQR
ABCDEFG
STUVWXY