Есть ли файл истории команд для команд, отличных от bash/terminal?

Похоже, это связано с изменением поведения по умолчанию GNU cpp, который xrdbиспользует в качестве препроцессора по умолчанию. В частности, согласно The C Preprocessor :10.1 Традиционный лексический анализ:

Generally speaking, in traditional mode an opening quote need not have a matching closing quote.

Однако cppпредоставляет параметр командной строки для работы в традиционном режиме:

-traditional
-traditional-cpp
    Try to imitate the behavior of pre-standard C preprocessors, as opposed to ISO 
    C preprocessors. See Traditional Mode.

, тогда как xrdbпозволяет явно определить препроцессор в его командной строке:

-cpp filename
       This  option  specifies the pathname of the C preprocessor pro‐
       gram to be used.  Although xrdb was designed to  use  CPP,  any
       program  that  acts  as a filter and accepts the -D, -I, and -U
       options may be used.

Следовательно, должна быть возможность подавить предупреждение с помощью

xrdb -cpp "/usr/bin/cpp -traditional-cpp"  ~/.Xresources

или

xrdb -cpp "/usr/bin/cpp -traditional"  ~/.Xresources