Пакет evasive gmodule-2.0

С GNUdatamashи GNUsort:

datamash transpose -t ' ' -H file_out.csv

Это прекрасно работает для «достаточно малых» данных. Это может или не может работать с вашим файлом.

Редактировать:Приведенные ниже решения без транспозиций должны быть менее ресурсоемкими -.