программа вызывается дважды из командной строки
dpkg говорит, что пакет не установлен, и это правильно, поскольку вы не установили его с помощью инструмента для упаковки, как следовало бы.
При использовании менеджера пакетов (в качестве dpkgилиapt-get)вам следует любой ценой избегать ручной установки, если вы не хотите, чтобы конфликты возникали всю оставшуюся жизнь.
Теперь вы должны исправить свою ошибку и правильно установить его с помощью apt-get install gccили соответствующих инструментов apt-get install build-essential.
@Kusalananda упомянул, что, возможно, ваш скрипт вызывает myscriptс помощью system(). Когда вы звоните с помощью system, я предполагаю, что каталог, содержащий myscript, не находится в переменной $PATHоболочки в этот момент, поэтому вам нужно будет передать полный путь myscript, а не относительный путь.