Это 6 лет спустя, но я боролся с проблемой, которая кажется похожей, но в конечном итоге это не так. Но я предоставляю это в надежде, что кто-то найдет это полезным.
Я мог использовать scp, но не ssh. Затем я понял, что могу выполнять команды через ssh, например, ssh user@server 'ls -l'.
Проблема была в.bashrc :Он содержал следующие строки:
HISTSIZE=-1
HISTFILESIZE=-1
Отключение неограниченной истории, похоже, решило проблему.