установить ssmtp в Debian buster
Su expansión de parámetros no está recortando lo suficiente.
Está configurando filea:
file=24538_7#1_paired1.fq
Luego recortar.fq:
$ echo ${file%.fq}
24538_7#1_paired1
Luego agregando_paired1.fq:
$ echo "${file%.fq}_paired1.fq"
24538_7#1_paired1_paired1.fq
Prueba así:
for file in 24538_7#*.fq; do
STAR --runThreadN 12 --genomeDir indices/STAR --twopassMode Basic --readFilesIn data/"${file%_paired?.fq}_paired1.fq" data/"${file%_paired?.fq}_paired2.fq" --outFileNamePrefix results/STAR/
done
Sin embargo, esto se ejecutará dos veces por par, ya que cada par tiene dos archivos. Creo que puede que no sea lo que necesitas.
Para ejecutar una vez por par, podría hacer algo como esto:
#!/bin/bash
files=( 24538_7#*.fq )
files=( printf '%s\n' "${files[@]#24538_7#}" | sort -n | awk -F_ '{print $1}' | uniq )
for n in "${files[@]}"; do
STAR --runThreadN 12 --genomeDir indices/STAR --twopassMode Basic --readFilesIn data/"24538_7#${n}_paired1.fq" data/"24538_7#${n}_paired2.fq" --outFileNamePrefix results/STAR/
done
6
rubo77
16.06.2019, 11:46
Ссылка
1 ответ
ssmtp в настоящее время не поддерживается, но вы также можете установить и настроить msmtp:
Для gmail (с деактивированным 2 -входом в систему )используйте эту конфигурацию в/etc/msmtprc:
# Set default values for all following accounts.
defaults
port 587
tls on
tls_trust_file /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt
account gmail
host smtp.gmail.com
from <user>@gmail.com
auth on
user <user>
password <your password>
# Set a default account
account default : gmail
Для проверки запустите
echo -e "Subject: msmtp test\nhello test." | msmtp _recipient_address_
Вскоре после этого вы должны найти отправленное электронное -письмо в папке «Входящие» получателя.
8
rubo77
27.01.2020, 20:24
Ссылка