Suponiendo que todos los archivos tengan un nombre similar, puede usar
for file in 24538_7#*.fq; do
sed -n '\|@.*/1|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file%.fq}_paired1.fq"
sed -n '\|@.*/2|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file%.fq}_paired2.fq"
done
o (para desarrollar lo que ya ha intentado)
for file in 24538_7#*.fq; do
sed -n '\|@.*/1|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file/.fq/_paired1.fq}"
sed -n '\|@.*/2|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file/.fq/_paired2.fq}"
done
Advertencia:Esto solo funcionará para su situación específica y para sus nombres de archivo específicos.