tuve el mismo problema; ciertos programas no parecían tomar la regla de opacidad. cambié la regla de opacidad -a:
"0:_NET_WM_STATE@[0]:32a = '_NET_WM_STATE_HIDDEN'",
"0:_NET_WM_STATE@[1]:32a = '_NET_WM_STATE_HIDDEN'",
"0:_NET_WM_STATE@[2]:32a = '_NET_WM_STATE_HIDDEN'",
"0:_NET_WM_STATE@[3]:32a = '_NET_WM_STATE_HIDDEN'",
"0:_NET_WM_STATE@[4]:32a = '_NET_WM_STATE_HIDDEN'"
que parece haber resuelto el problema