Вложенные сбои чтения

Во-первых, ошибка от [ то, потому что answer пусто, таким образом, [ видит три аргумента: =, y и ]. Всегда помещайте двойные кавычки вокруг подстановок переменных: if [ "$answer" = "y" ].

Причина $answer пустой fd 0, занято входом файла из-за перенаправления <tester по циклу с условием продолжения.

while IFS= read -r line <&3
do
    read -n 1 -p "Print line? [y/n] " answer
    if test "$answer" = "y"
    then
        echo "$line"
    fi
done 3< tester