Как обрезать до первого разделителя и получить оставшуюся часть строк ?

У вас есть символы новой строки, потому что ls помещает их в отдельные строки. Новые строки исчезают без кавычек, потому что оболочка (bash) передает каждый текст, разделенный пробелами без кавычек, в команду в качестве отдельного аргумента.

Примечание. Подстановка команд выполняется оболочкой , а не ls , поэтому вам не требуется ls .

Следовательно, вы можете сделать

#!/bin/bash
echo *.fastq

или

#!/bin/bash
files="*.fastq"
echo "$files"