GDM не запустится на начальной загрузке, не могущей входить в систему в графический интерфейс
Если, "третьим уровнем", Вы означаете использовать, например, американская раскладка клавиатуры Межстраны, можно настроить систему для использования его по умолчанию.
На Debian (и выход возможно одноуровневые элементы; (X|K) Ubuntu, Монетный двор и так далее), можно вставить следующее /etc/default/keyboard:
XKBMODEL="pc105" #physical keyboard model
XKBLAYOUT="us" # keyboard layout
XKBVARIANT="altgr-intl" # keyboard layout variant
XKBOPTIONS="terminate:ctrl_alt_bksp,numpad:microsoft" # terminate X on
# CTRL+ALT+DEL, and use Microsoft style numpad
Существует, вероятно, много других мест для настройки клавиатуры на других ароматах Linux – на Gentoo/Funtoo, в котором это находится /etc/conf.d/keymaps
Относительно переключения CMD и клавиш CTRL, я думаю, что этому уже ответили здесь: Карта "окна" включает клавиатуру к "ctrl".
При следовании вышеупомянутой конфигурации просто добавьте altwin:ctrl_win к строке XKBOPTIONS, как это:
XKBOPTIONS="terminate:ctrl_alt_bksp,numpad:microsoft,altwin:ctrl_win"
Если SELinix находится в разрешающем режиме (как Вы говорите, проверяете выполнение getenforce(1)), это просто зарегистрирует доступ, которого это запретило бы. Таким образом, это не может быть причиной затем. Но система полагается еще больше на DBus, и это, кажется, перестало работать по некоторым причинам.
Какие-либо сторонние пакеты установлены? Проверьте их, удалите то, что не требуется, посмотрите, существуют ли официальные альтернативы для других.
Существует странное упоминание о /etc/resolv.conf наличие нескольких ссылок, проверьте которые (find / -xdev -samefile /etc/resolv.conf скажет Вам; это могло занять время). Что содержит тот файл? Или возможно это не существует? Как сеть настроена для этой машины?
Проверьте, что система не повредила пакеты: rpm -Va (это имеет тенденцию сообщить о поврежденных пакетах, даже когда они недавно установлены, не слишком волнуйтесь; но просмотрите список).
Обновите все: yum -y update --skip-broken, проверьте, что все обновляется. Если некоторый пакет не может быть обновлен, узнать, почему и посмотрите для фиксации его.