Сопоставьте три столбца в 2 файлах аннотаций и распечатайте эти строки в новый выходной файл

У меня есть 2 файла, файл 1 и файл 2 с одинаковыми номерами столбцов. В первом столбце указан номер хромосомы, во втором столбце указан стартовый сайт промотора, а в третьем столбце указан сайт остановки промотора.

Я хочу сопоставить оба файла, если совпадение по всем трем столбцам в файле 1 обнаружено в файле 2. Я хочу сгенерировать выходной файл, показывающий три точных столбца с четвертым. Четвертый будет показывать совпадение с оценкой 1 и несоответствие с оценкой 0.

Файл 1:

chr1 899 1098
chr3 677 900
chr3 844 1045

Файл 2:

chr3 844 1045
chr1 899 1098
chr4 500 789

Выходной файл:

chr1 899 1098  1
chr3 677 900   0
chr3 844 1045  1
chr4 500 789   0

Я нашел ответ, соответствующий файлам и выведите новый файл на том же форуме:

awk 'FNR == NR {a [$ 1, $ 2, $ 3] = $ 0; next} {if (b = a [$ 1, $ 2, $ 3]) {print b }} 'file1 file2

Но я хочу также включить в выходной файл столбец оценки совпадения и несоответствия.

0
19.11.2015, 13:15
0 ответов

Теги

Похожие вопросы