Замена нескольких пакетов Debian из скомпилированного источника

Ну, с одной стороны, Provides: не работает с зависимостями, которые указывают версию. Из Руководства политики Debian, "Виртуальные пакеты - Обеспечивают":

Если полю отношений присоединят номер версии, то только реальные пакеты рассмотрят [...]. Другими словами, если номер версии указан, это - запрос для игнорирования, все Предусматривает то имя пакета, и рассмотрите только реальные пакеты.

Зависимости от библиотек являются почти всегда имеющими версию. Таким образом, это просто не собирается работать.

Вместо этого Вы могли:

• Загрузите пакет Debian (apt-get source PACKAGE) и обновите его для последнего ffmpeg (и, действительно, Вы могли даже отправить патчи, требуемые на средство отслеживания ошибки Debian). Конечно, необходимо будет обновить sonames библиотек (я поставил измененный ABI), и, вероятно, восстановите много материала, который зависит от ffmpeg. Часть этого может потребовать исходных изменений если измененный API.
• Или, простой способ: установите его на /usr/local. Можно создать a .deb из этого, и дают ему другое имя пакета (например, local-ffmpeg). Можно затем установить его вместе с Debian-обеспеченным ffmpeg и не волноваться обо всем вышеупомянутом. Вы могли также использовать stow устанавливать его в /usr/local.