Я пытаюсь сделать предсказание генов с помощью GlimmerHMM. Обучающая модель была успешно завершена, но во время прогнозирования она давала «ошибку сегментации».
command : glimmerhmm_linux_x86_64 input.fasta -d Directory -o glimmer_results.gff -g
Я не знаком с этой конкретной программой, но, возможно, этот пост поможет вам...
Я предполагаю, что вы имеете в виду эту программу страницу загрузки glimmerhmm .
Если да... вы скомпилировали программу из исходников или вам удалось получить предварительно -скомпилированную 64-битную версию?
Когда я запускаю скомпилированную программу без каких-либо параметров, на моей машине появляется меню параметров, подобное этому:
USAGE: ./glimmerhmm <genome1-file> <training-dir-for-genome1> [options]
Options:
-p file_name If protein domain searches are available, read them from file file_name
-d dir_name Training directory is specified by dir_name (introduced for compatibility with earlier versions)
-o file_name Print output in file_name; if n>1 for top best predictions, output is in file_name.1, file_name.2,..., file_name.n f
-n n Print top n best predictions
-g Print output in gff format
-v Don't use svm splice site predictions
-f Don't make partial gene predictions
-h Display the options of the program
Меню использования программы показывает, что похоже на список параметров командной строки.
Итак, есть несколько возможностей:
Directory
, и вместо него вам нужно будет указать что-то вроде~/my_training_directory