GlimmerHMM дает ошибку «ошибка сегментации» во время предсказания гена

Я пытаюсь сделать предсказание генов с помощью GlimmerHMM. Обучающая модель была успешно завершена, но во время прогнозирования она давала «ошибку сегментации».

command : glimmerhmm_linux_x86_64 input.fasta -d Directory -o glimmer_results.gff -g
0
09.03.2019, 15:18
1 ответ

Я не знаком с этой конкретной программой, но, возможно, этот пост поможет вам...

Я предполагаю, что вы имеете в виду эту программу страницу загрузки glimmerhmm .

Если да... вы скомпилировали программу из исходников или вам удалось получить предварительно -скомпилированную 64-битную версию?

Когда я запускаю скомпилированную программу без каких-либо параметров, на моей машине появляется меню параметров, подобное этому:

USAGE: ./glimmerhmm <genome1-file> <training-dir-for-genome1> [options] 
Options:
-p file_name     If protein domain searches are available, read them from file file_name
-d dir_name      Training directory is specified by dir_name (introduced for compatibility with earlier versions)
-o file_name     Print output in file_name; if n>1 for top best predictions, output is in file_name.1, file_name.2,..., file_name.n f
-n n             Print top n best predictions
-g               Print output in gff format
-v               Don't use svm splice site predictions
-f               Don't make partial gene predictions
-h               Display the options of the program

Меню использования программы показывает, что похоже на список параметров командной строки.

Итак, есть несколько возможностей:

  1. Каким-то образом сборка программы пошла не так, и она не работает... отсутствует библиотека или что-то в этом роде.
  2. Нет каталога с именем Directory, и вместо него вам нужно будет указать что-то вроде~/my_training_directory
  3. Вы пытаетесь запустить 64-битную программу на 32-битной машине.
0
28.01.2020, 04:36

Теги

Похожие вопросы