Могут ли компиляторы ifort и pgi сосуществовать в одной системе?

Все будет в порядке, использование нескольких компиляторов (Фортран или любой другой язык) довольно распространено, и их установки по умолчанию не должны мешать друг другу.

Конечно, каждый раз, когда вы используете несколько компиляторов для языка, вы должны организовать свои проекты так, чтобы помнить, какой компилятор вы выбрали. Как минимум, сделайте пометку в файле README или INSTALL, чтобы вы и другие пользователи могли легко скомпилировать ваше программное обеспечение в будущем.