Как надежно удалить большинство комментариев в коде Matlab?

Я хочу надежно удалять комментарии, не удаляя новые строки (\n) и любой кусок существенного кода Matlab командами Unix, а не расширениями/гаджетами/... существующими для цели и т.д. здесь. Тестовые случаи

1. Символ % в другом месте кода, не указывающий на комментарий и т.д. в sprintf('Masi % score').
2. Игнорировать хитрые и т.д. sprintf('Masi % score'); % не нужно удалять этот комментарий, потому что хитрый
3. ...

Я думаю, что SED может работать хорошо. Некоторые попытки

• Попытка 1 ошибочна, потому что удаляет новые строки и не проходит тест 1

  # http://stackoverflow.com/a/3350246/54964
  sed -e 's/%.*$//' -e '/^$/d' inputFile.m
  
  ## Выход 
  function blalala(var2);
  var=1; 
  hello=2; 
  assert(indexPositionEnd >= indexPositionStart, 'indexEnd больше/равно indexStart');
  index=index+1
  pause(1); 
  sprintf('Masi 
  end
  

• Попытка 2 ошибочна, так как включает в вывод только первую строку

  # http://stackoverflow.com/a/1252191/54964
  sed ':a;N;$!ba;s/%.*$/ /g' inputFile.m
  
  ## Вывод 
  function blalala(var2);
  

Пример inputFile.m как файл данных

function blalala(var2);
%% synapse
% describe here pla la
%
var=1;      
% 
hello=2; 

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%                      Statistics and Monitoring
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

assert(indexPositionEnd >= indexPositionStart, 'indexEnd bigger/equal than indexStart');

index=index+1

%% Situation monitoring at the end
pause(1); % waitforbuttonpress pause is not sufficient

% http://stackoverflow.com/a/111322....

sprintf('Masi % score').
sprintf('Masi % score'); % do not need to remove this comment because tricky

end

ОС: Debian 8.5 64 bit
Инструменты: SED, Python, Perl, ...