Как правильно использовать sed для удаления текста за пределами символов ""?

Итак, проблема, которую вы здесь видите, заключается в том, что цикл forрасширяется неожиданным для вас образом. Оператор диапазона {...}дает полный список всех возможных имен файлов, а не только существующих.

Например, файл 19917 не существует, поэтому появляется сообщение об ошибке mv.

Вы можете увидеть это, поместив echoв петлю:

for f in LIB008983_TRA000{19916..20167}_*_L001_R*.fastq.gz
do
  echo "$f"
done

Это дает вывод, подобный:

LIB008983_TRA00019916_*_L001_R*.fastq.gz
LIB008983_TRA00019917_*_L001_R*.fastq.gz
LIB008983_TRA00019918_*_L001_R*.fastq.gz
...
LIB008983_TRA00020078_*_L001_R*.fastq.gz
LIB008983_TRA00020079_*_L001_R*.fastq.gz
LIB008983_TRA00020080_TAAGGCGA-TATCCTCT_L001_R1.fastq.gz
LIB008983_TRA00020080_TAAGGCGA-TATCCTCT_L001_R2.fastq.gz
...
LIB008983_TRA00020084_*_L001_R*.fastq.gz
LIB008983_TRA00020085_*_L001_R*.fastq.gz
LIB008983_TRA00020086_*_L001_R*.fastq.gz

Все эти строки с *представляют несуществующие файлы.

Есть два способа решить эту проблему. Во-первых,если вы хотите сохранить диапазон, проверьтеmv:

  if [ -f "$f" ]
  then
    mv -i "$f" "$newName"
  fi

Теперь команда mvвыполняется, только если файл существует.

Второй способ — если вас не волнует диапазон, и вы просто позволяете шаблону шара совпадать:

for f in LIB008983_TRA000*_*_L001_R*.fastq.gz
do
  newName=${f/_*_\ _L001_R*.fastq.gz}
  mv -i "$f" "$newName"
done

В обоих случаях вы больше не будете пытаться mvнесуществующие файлы.

В качестве примечания; вам не нужны некоторые из ;, поэтому я удалил их из своего ответа.

У вас есть вторая проблема: ваше «$newName» не то, что вам нужно. Я кодер старой школы ksh, и могут быть выражения получше bash, но я бы сделал что-то вроде

  tail=L${f##*_L}
  head=${f%_*_$tail}_
  newName="$head$tail"
  mv -i "$f" "$newName"

Теперь, учитывая ваш список входных файлов, мы имеем

LIB008983_TRA00020080_L001_R1.fastq.gz
LIB008983_TRA00020080_L001_R2.fastq.gz
LIB008983_TRA00020081_L001_R1.fastq.gz
LIB008983_TRA00020081_L001_R2.fastq.gz
LIB008983_TRA00020082_L001_R1.fastq.gz
LIB008983_TRA00020082_L001_R2.fastq.gz
LIB008983_TRA00020083_L001_R1.fastq.gz
LIB008983_TRA00020083_L001_R2.fastq.gz