Некоторые приложения больше не работают в Linux Mint 18 (с Mate)

В Linux Mint 18 с Mate (работает внутри VirtualBox) некоторые графические приложения больше не работают. По крайней мере, окна не отображаются и никакие процессы не продолжают работать после запуска в командной строке.

Они заканчиваются сразу после запуска (в командной строке), некоторые приложения с таким странным поведением: mintupdate, eclipse, xviewer, time-admin, nm-connection-editor, ...

Другие, которые работают: gimp, banshee, mate-terminal, LibreOffice, ...

Что можно сделать, чтобы исправить это?