Вопросы Теги

Модификация с ошибкой сценария

Я просто пишу несколько строк для поиска наименьшего значения в моих файлах, и это дает мне правильный результат, но повторяя строки два раза, вы можете исправить ошибку

Что я делаю:

  • Greping all files
  • Удаление заголовка
  • при сортировке в экспоненциальной нотации с использованием девятого столбца
  • с выделением первой строчки наименьшего размера после сортировки и печати с использованием awk
  • Я хочу, чтобы имя файла было напечатано так же, как и $ i

Скрипт: 

#!/bin/bash

for i in `ls -v *.txt` 
do 
smallestPValue=`sed 1d $i | sort -k9 -g | head -1 | awk '{print $0}'` 

echo  $i  $smallestPValue >> smallesttPvalueAll.txt
done

output 

U1.text 4 rsxxx 1672175 A ADD 759 0.0751 4.918 1.074e-06
U1.txt 4 rsxxxx 1672175 A ADD 759 0.0751 4.918 1.074e-06
U2.txt  16 rsxxxx 596342 T ADD 734 -0.05458 -5.204 2.535e-07
U2.txt 16 rsxxxx 596342 T ADD 734 -0.05458 -5.204 2.535e-07
U3.txt 2 rsxxxx 12426 T ADD 722 0.06825 5.285 1.669e-07

Я получаю повторения для нескольких строк, а некоторые просто в порядке поскольку U3, как указано выше, придет один раз, и это то, что я хочу. Я могу легко избавиться от повторяющихся строк с помощью uniq или sort -u, но мне интересно, что вызывает это

Желаемый результат каждая строка повторяется один раз

0
30.07.2017, 01:59
1 ответ

Если я правильно интерпретирую, вы, вероятно, сможете сделать то, что пытаетесь сделать, просто awkиsort-без необходимости в цикле или синтаксический анализ ls(тонкий намек:НЕ ДЕЛАЙТЕ ЭТОГО! ), или head, или sed. 

awk 'FNR > 1 {print FILENAME, $0}' *.txt | sort -k10 -g | sort -u -k1,1

Это пропускает первую строку каждого файла, затем печатает все оставшиеся строки с префиксом имени файла и пробелом. (Разделитель выходных записей awk по умолчанию илиORS). Затем он передает его через сортировку, чтобы выполнить общую числовую сортировку по полю 10. Наконец, он выполняет уникальную сортировку только первого поля (-k1,1, имени файла ), так что выводится только первая строка с этим именем файла.

Обратите внимание, что здесь мы должны сортировать по полю 10, а не по полю 9, потому что мы добавили имя файла в качестве первого поля, поэтому номера всех остальных полей увеличиваются на 1.

FNRи FILENAMEпостроены -в переменных awk. FNR — это номер строки («номер входной записи» в awk -жаргоне )текущего файла, а FILENAME — это имя текущего файла.

вот еще один способ сделать это, на этот раз используя толькоawk:

#!/usr/bin/awk -f

FNR > 1 && (! s[FILENAME] || $9 < s[FILENAME]) {
  s[FILENAME]=$9;
  l[FILENAME]=$0
};

END {
  for (f in s) {
    print f, l[f]
  }
}

сохранить как, например. smallest-pvalue.awk, сделайте его исполняемым с помощью chmod +x smallest-pvalue.awkи запустите как ./smallest-pvalue.awk *.txt.

Этот awk-скрипт отслеживает наименьшее значение поля 9 каждого входного файла в массиве с именем s, а также сохраняет соответствующую входную строку в массиве l.

После обработки всех файлов он выводит имя файла и строку, содержащую наименьшее 9-е поле для каждого файла.

1
28.01.2020, 02:45

Теги

Похожие вопросы