Вопросы Теги

Как устранить проблему неудачной установки pywfdb из pip?

Состояние: не удается устранить неполадки при неудачной установке библиотеки/модуля pywfdb из pip
Дифференциальные условия: неудачные зависимости от pywfdb
Исключить: upstart/systemd ошибки проектирования с runit в Ubuntu здесь начиная с Ubuntu >=14.10
Настройки

  • PATH /usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
  • PYTHONPATH пустой в $HOME/.bashrc

Рабочий поток для зависимостей и грязная установка с большим количеством логов

  • Предложение Edwinksl: sudo apt-get install python-pyrex

    Чтение списков пакетов... Выполнено
Построение дерева зависимостей
Чтение информации о состоянии... Готово
Будут установлены следующие НОВЫЕ пакеты:
python-pyrex
0 обновлены, 1 вновь установлен, 0 удалены и 0 не обновлены. 2 не полностью установлены или удалены.
Необходимо получить 181 кБ архивов.
После этой операции будет использовано 996 кБ дополнительного дискового пространства.
Get:1 http://archive.ubuntu.com/ubuntu xenial/main amd64 python-pyrex all 0.9.8.5-2.1ubuntu1 [181 kB].
Получено 181 кБ за 0 с (356 кБ/с) 
Выбор ранее не выбранного пакета python-pyrex.
(Чтение базы данных ... 434011 файлов и каталогов, установленных в настоящее время).
Подготовка к распаковке .../python-pyrex_0.9.8.5-2.1ubuntu1_all.deb ...
Распаковка python-pyrex (0.9.8.5-2.1ubuntu1) ...
Обработка триггеров для doc-base (0.10.7) ...
Обработка 1 добавленного файла doc-base...
Регистрация документов в scrollkeeper...
Обработка триггеров для man-db (2.7.5-1) ...
Установка runit (2.1.2-3ubuntu1) ...
- -
Установка python-pyrex (0.9.8.5-2.1ubuntu1) ...
- -

  • Рабочий поток с грязной установкой, чтобы не очищать после установки, чтобы увидеть, что pip пытался сделать sudo -H pip install --no-clean pywfdb

    Сбор pywfdb
 Использование кэшированного pywfdb-0.1.1.zip
Сборка колес для собранных пакетов: pywfdb
 Запуск setup.py bdist_wheel для pywfdb ... ошибка
 Полный вывод команды /usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup. py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec')))" bdist_wheel -d /tmp/tmpemnpLdpip-wheel- --python-tag cp27:
 запуск bdist_wheel
 запуск build
 запуск build_py
 создание сборки
 создание сборки/lib.linux-x86_64-2.7
 создание build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
 копирование pywfdb/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
 копирование pywfdb/ecgcodes.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
 файл инициализации пакета 'example/__init__.py' не найден (или не является обычным файлом)
 создание build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
 копирование example/readinfo.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
 копирование example/plot.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
 запуск build_ext
 создание расширения 'pywfdb._pywfdb'
 создание build/temp.linux-x86_64-2.7
 создание build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb
 creating build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4
 создание build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4/lib
 x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fno-strict-aliasing -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -fPIC -I. /wfdb-10.4.4/lib -I/usr/include/python2.7 -c pywfdb/_pywfdb.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb/_pywfdb.o -Wno-uninitialized -Wno-unused
 pywfdb/_pywfdb.c:15:22: фатальная ошибка: ecgcodes.h: No such file or directory
 #include "ecgcodes.h"
 ^
 компиляция завершена.
 ошибка: команда 'x86_64-linux-gnu-gcc' завершилась со статусом выхода 1

 ----------------------------------------
 Не удалось собрать колесо для pywfdb
 Запуск setup.py clean для pywfdb
 Не удалось собрать pywfdb
 Установка собранных пакетов: pywfdb
 Запуск setup.py install для pywfdb ... ошибка
 Полный вывод команды /usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__). read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-gdKcwF-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile:
 выполняется установка
 запущена сборка
 запуск build_py
 создание сборки
 создание build/lib.linux-x86_64-2.7
 создание build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
 копирование pywfdb/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
 копирование pywfdb/ecgcodes.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb
 файл инициализации пакета 'example/__init__.py' не найден (или не является обычным файлом)
 создание build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
 копирование example/readinfo.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
 копирование example/plot.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/pywfdb/example
 выполнение build_ext
 создание расширения 'pywfdb._pywfdb'
 создание build/temp.linux-x86_64-2.7
 создание build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb
 creating build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4
 создание build/temp.linux-x86_64-2.7/wfdb-10.4.4/lib
 x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fno-strict-aliasing -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -fPIC -I. /wfdb-10.4.4/lib -I/usr/include/python2.7 -c pywfdb/_pywfdb.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pywfdb/_pywfdb.o -Wno-uninitialized -Wno-unused
 pywfdb/_pywfdb.c:15:22: фатальная ошибка: ecgcodes.h: No such file or directory
 #include "ecgcodes.h"
 ^
 компиляция завершена.
 ошибка: команда 'x86_64-linux-gnu-gcc' завершилась со статусом выхода 1

 ----------------------------------------
 Команда "/usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read(). replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-gdKcwF-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/

Открыть

  • Почему Failed building wheel for pywfdb?

  • Почему следующая ошибка воспроизведена здесь из полного лога?

    Команда "/usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/setup. py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec')))" install --record /tmp/pip-gdKcwF-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-_Tu9q1/pywfdb/

Методы устранения неполадок

Pip локальных модулей, где вы не видите wfdb найдено получено первым набором команд Адама

" https://stackoverflow.com/a/23885252/54964 "
['adium-theme-ubuntu==0.3.4', 'alabaster==0.7.8', 'auxlib==0.0.37', 'babel==2.3.4', 'backports-abc==0.4', 'backports.shutil-get-terminal-size==1.0.0', 'backports.ssl-match-hostname==3.5.0.1', 'beautifulsoup4==4.4.1', 'ccsm==0.9.12.2', 'certifi==2016.2.28', 'chardet==2.3.0', 'compizconfig-python==0.9.12.2', 'configparser==3.5.0', 'cycler==0.10.0', 'decorator==4.0.9', 'docutils==0.12', 'duplicity==0.7.6', 'entrypoints==0.2.2', 'enum34==1.1.6', 'functools32==3.2.3.post2', 'futures==3.0.5', 'html5lib==0.999', 'httplib2==0.9.1', 'imagesize==0.7.1', 'ipykernel==4.3.1', 'ipyparallel==5.0.1', 'ipython-genutils==0.1.0', 'ipython==4.2.0', 'ipywidgets==5.1.5', 'jinja2==2.8', 'jsonschema==2.5.1', 'jupyter-client==4.2.2', 'jupyter-core==4.1.0', 'lockfile==0.12.2', 'lxml==3.5.0', 'markupsafe==0.23', 'matlab-kernel==0.9.6', 'matplotlib==1.5.1', 'metakernel==0.13.0', 'mistune==0.7.2', 'nbconvert==4.2.0', 'nbformat==4.0.1', 'nose==1.3.7', 'notebook==4.2.1', 'numpy==1.11.0', 'pandas==0.18.1', 'path.py==8.2.1', 'pathlib2==2.1.0', 'pdfshuffler==0.6.0', 'pexpect==4.1.0', 'pickleshare==0.7.2', 'pillow==3.1.2', 'pip==8.1.2', 'ptyprocess==0.5.1', 'pycosat==0.6.1', 'pycurl==7.43.0', 'pygments==2.1.3', 'pygobject==3.20.0', 'pyicu==1.9.2', 'pymatbridge==0.5.2', 'pymysql==0.7.2', 'pyparsing==2.1.4', 'pypdf==1.13', 'python-dateutil==2.5.3', 'python-djvulibre==0.7', 'pytz==2016.4', 'pyxdg==0.25', 'pyyaml==3.11', 'pyzmq==15.2.0', 'qtconsole==4.2.1', 'requests==2.10.0', 'scour==0.32', 'setuptools==22.0.5', 'simplegeneric==0.8.1', 'singledispatch==3.4.0.3', 'six==1.10.0', 'snowballstemmer==1.2.1', 'sphinx==1.4.3', 'subprocess32==3.2.6', 'terminado==0.6', 'testpath==0.3', 'tornado==4.3', 'traitlets==4.2.1', 'unity-lens-photos==1.0', 'wheel==0.29.0', 'widgetsnbextension==1.2.3']

Неудачные тестовые команды для получения информации о пакете/модуле/библиотеке

  • pip search wfdb дает pywfdb (0. 1.1) - Python интерфейс к библиотеке WFDB, поэтому я ожидаю, что он будет включать в себя также модуль, который вы можете импортировать.
  • find /usr/local/lib/python2.7/dist-packages -name '*wfdb*' возвращает пусто.
  • pip list |grep wfdb возвращает пустоту.
  • pip show pywfdb возвращает пустоту.

Тестовый код, который показывает, что модуль не найден

" http://www.pybytes.com/pywfdb/ "
import pywfdb

Пытаюсь найти модуль

  • Не устанавливается как обычный пакет python, потому что не в /usr/lib/python/site-packages, как описано здесь; я искал во всех каталогах (/usr/local/lib/python2. 7/ и /usr/local/lib/python3.5/).

  • Нет в dist-пакетах на основании ответа. Команда ls /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ | grep wfdb возвращает пустое место.

  • >>> import site; site.getsitepackages() дает результат

    ['/usr/local/lib/python2.7/dist-packages', '/usr/lib/python2.7/dist-packages']

    Пустые результаты для ls /usr/local/lib/python2.7/dist-packages | grep wfdb и ls /usr/lib/python2.7/dist-packages | grep wfdb.

Система: Linux Ubuntu 16.04 64 bit
. Ядро Linux: 4.6
Опции ядра Linux: wl
Аппаратное обеспечение: Macbook Air 2013-mid
Python: 2.7.11+
Pip: latest (8.1.2) pip install --upgrade pip returns Requirement already up-to-date: pip in /home/masi/.local/lib/python2.7/site-packages
Latest pip modules pip freeze --local | grep -v '^\-e' | cut -d = -f 1 | xargs -n1 pip install -U done before
Bash: 4.3.46(1)-release (x86_64-pc-linux-gnu)

0
23.05.2017, 15:39
0 ответов

Теги

Похожие вопросы