Я могу запустить код из терминала, но та же самая команда выдает ошибку при запуске в сценарии оболочки

Команда diff работает для анализа двух файлов и выводит на печать разные строки. Вы не предоставляете правильные входные файлы для команды diff:

Простой измененный рабочий сценарий:

sort doc1 | tee tempdoc1
sort doc2 | tee tempdoc2
diff tempdoc1 tempdoc2 | grep -x '.\{6\}'  > sample.txt
echo "Following is difference:"
cat sample.txt

Когда вы выполняете команду diff в обычной оболочке, вы используете текущую оболочку (в основном bash).

Вы отступаете, чтобы использовать оболочку bash для вашего сценария, но если вы вызываете свой сценарий с помощью "sh filediff.sh", вы вызываете оболочку sh-Shell, которая немного отличается от bash.

Вы можете вызвать свой скрипт с помощью

bash filediff.sh

или сделать его исполняемым с помощью

chmod +x filediff.sh

и вызвать его с помощью

./filediff.sh