Невозможно правильно использовать Powerline с xterm

Ошибка связана не с GNU Parallel, а с blat . Я не использовал блат годами, поэтому не уверен на 100% в следующем.

Я предполагаю, что вы не можете использовать - для обозначения STDIN для базы данных в blat .

Есть несколько способов пощекотать блат . Используйте / dev / stdin , который предоставит стандартный ввод в виде FIFO во многих системах:

cat asm.contig.fasta | parallel -k --block 1k --recstart '>' --pipe 'blat -t=dnax -q=prot /dev/stdin ../swissprot.fasta out{#}.psl -noHead'

Используйте - FIFO , который создаст FIFO / именованный канал, который предоставит стандарт во всех поддерживаемых системах. После завершения команды fifo будет удален:

cat asm.contig.fasta | parallel --fifo -k --block 1k --recstart '>' --pipe 'blat -t=dnax -q=prot {} ../swissprot.fasta out{#}.psl -noHead'

Используйте - cat , который создаст обычный файл, содержащий блок данных размером 1 КБ. После завершения команды файл будет удален.

cat asm.contig.fasta | parallel --cat -k --block 1k --recstart '>' --pipe 'blat -t=dnax -q=prot {} ../swissprot.fasta out{#}.psl -noHead'

- cat обычно самый медленный (для - block 1k ожидается дополнительная 1 мс на задание), но почти гарантированно работает.

Сообщите нам, какой из них сработал.