Вы можете сделать:
perl -MText::CSV -F'\t' -i.orig -lape '
BEGIN{$c = Text::CSV->new({binary=>1, eol=>""})}
$_ = $c->string if $c->combine(@F)' ./*.txt
Чтобы преобразовать в правильныйCSV (см. perldoc Text::CSV
на случай, если вам нужно настроить формат CSV). Если все, что вам нужно, это преобразовать табуляции в запятые, это просто вопрос tr '\t' ,
.