Это ошибка в GNOME до версии 3.25.3.
Ваш вопрос устарел, скорее всего, вы перешли на Stretch. Если это так, вы можете проверить Debian Stretch: Как сделать Wayland по умолчанию?.
В противном случае вы можете исправить исходный код и пересобрать. Или в качестве обходного пути вы можете настроить синхронизированный вход с задержкой в 1 секунду.