Держу пари, ваша проблема в том, что вы переводите одно ядро в спящий режим (приостанавливаете на диске), а затем загружаете другое. Это не сработает. Не пытайтесь решить эту проблему, используя разные разделы подкачки для разных систем. Это сильно повредит вашу файловую систему (системы), когда спящая ОС проснется и попытается записать некоторые файлы после того, как другая ОС манипулировала файловой системой. Вы можете сделать это без риска потери данных только в том случае, если убедитесь, что вы не будете монтировать файловую систему, уже смонтированную ядром, находящимся в спящем режиме.
При этом разделы, используемые для подкачки, настраиваются в /etc/fstab
.