Разные результаты на терминале VS PLACKINGE

Попробуйте сделать это вместо этого:

$ qsub -l h_vmem=4G -cwd -j y -b y -N n_tr -R y \
    'for i in *_1.fastq.gz; do echo $i >> t.txt; zcat $i | \
        grep "GCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTT" >> t.txt ; echo >> t.txt ; done'

Заметили разницу?

Я изменил ваши двойные кавычки (" )на одинарные (' ).

 'for i in....t.txt ; done'
 ^^^                     ^^^

Это защитит их от расширения вашей локальной оболочки чего-либо внутри. Когда вы используете двойные кавычки, *_1.fastq.gzможет быть расширен локально, а не на узле компьютерного кластера.

Вы используете неверные кавычки для своей команды.

Двойные кавычки("...")позволяют оболочке оценивать ваши переменные, такие как $i, и, поскольку вы уже использовали эту переменную, и она осталась со значением adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz, означает, что ваш qsubвидит это на исполнение:

for i in *_1.fastq.gz; do echo adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz >> t.txt; zcat adrenal_4a_ERR315452_1.fastq.gz | grep GCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTT >> t.txt ; echo >> t.txt ; done

Измените крайние кавычки на одинарные ('...'), и все заработает должным образом:

qsub -l h_vmem=4G -cwd -j y -b y -N n_tr -R y 'for i in *_1.fastq.gz; do echo $i >> t.txt; zcat $i | grep "GCTGGCAAAAAGAAGGTAACATGTTTT" >> t.txt ; echo >> t.txt ; done'